Ruokamyrkytysten syynä on useimmiten elintarvikkeiden virheellinen käsittely. Tällaisia syitä voivat olla esimerkiksi:
Useimmat ruokamyrkytysbakteerit lisääntyvät ja/tai tuottavat myrkyllisiä aineenvaihduntatuotteita nopeasti huoneenlämmössä, kun taas jääkaapissa elintarvike säilyisi turvallisena pidempään. Kuumennus tuhoaa useimmat bakteerit ja niiden myrkyt tehokkaasti.